在中药复方整体的定性（即全部化学成分）、定量（即复方间量比关系）知之甚少的情况下，中药复方的化学成分分析是一项难度极大、极富挑战的任务。多年来，中医药学者不懈努力，建立了众多中药复方化学成分的分析方法。

普通化学分析法

采用薄层扫描和紫外吸收光谱法比较左金丸及吴萸圆方中黄连主要成分小檗碱的浓度，发现水煎液中小檗碱溶出率降低，反映了传统用两药配伍多采用丸剂的合理性；采用络合滴定法考察清热泻火方剂中生石膏与甘草配伍对钙盐煎出率的影响，结果发现二者配伍可使硫酸钙煎出率降低；以单扫描伏安法联合气相色谱-质谱法从分子结构和化学平衡角度研究复方枳术丸组方，发现了剂量、工艺等因素对有效成分含量的影响；以高效液相色谱法测定不同比例白芍与生甘草配伍后水煎液中葡萄苷、甘草酸的含量，结果发现与单味白芍水煎液相比，白芍与生甘草以3:2，2:1比例配伍，芍药苷含量基本无变化，比例为1:1时，芍药苷含量下降。

将体外分析方法与体内实验研究相结合，用体外模拟实验研究的方法，探讨麻杏石甘汤剂、散剂及同剂型的单味药在人工胃液、胃-肠液中的成分，同时给兔灌胃进行对照实验，以石油醚、氯仿、醋酸乙酯对胃、胃-肠容物进行提取分离，对其主要成分溶出度含量变化规律及4种溶剂分步提取的化学成分、pH变化进行分析，结果发现，各部位提取物 的总体化学成分及主要成分含量的变化规律与对照组一致，证实了体外模拟法在中药复方化学成分研究中的可行性。

多种分析方法联用

作为高效液相色谱技术的补充和发展，对于中药复方中大量未知组份的定性通常需借助于联合技术，包括液相色谱和质谱（LC-MS）联用、液相色谱-质谱-质谱（LC-MS-MS）联用、毛细管电泳-质谱（CE-MS）联 用、气相色谱-质谱（GC-MS）联用、气相色谱-荧光分光光度（GC-FTIR） 联用和液相色谱-紫外分光光度法（LC-UV）联用等。以当归补血汤为例，液相色谱统一方法为其突破口，提出了对中药复方从非水反相（异丙醇、 甲醇）到纯水反相进行系统分离摸索，并对黄芪中66个化学成分、当归中78个化学成分和当归补血汤中71个化学成分进行了液相色谱a，c指数和紫外光谱的测定。通过此项研究发展了复杂样品的智能优化和峰识别的方法及软件，确定了黄芪分离的多阶梯多二元流动相梯度条件，通过中药复方与其单味药所有化学成分的比较发现：黄芪与当归有很多共同的化学成分，但含量不一样。将当归补血汤与黄芪和当归对比发现，当归补血汤配伍后没有主要化学成分的产生或消失，但有含量上的变化。

最近，分子生物学技术得到长足发展，也为中药复方物质基础的分析方法带来了新的契机。随着基因芯片技术、基因组与蛋白质组分析相关技术的建立，中药复方多组份、多靶点、多途径作用特点必将与相应的基因、蛋白表达联系起来，人们通过比较药物治疗前后其各自不同的差异表达谱，可确定不同配伍组方对应的基因及蛋白表达靶点。根据表达的器官特异性及表达水平、中药复方君臣佐使理论及用药剂量的关联性、不同配伍组方对应基因及蛋白靶点的相互作用，可分析复方中各组成、各单味药之间的密切关系，从而阐明药物作用的物质基础及内在配伍规律。应用基因芯片技术、差异蛋白质表达技术、多维色谱差异显示技术、智能多模式多柱色谱表达技术、激光共振电离光谱结合色谱技术等分析方法，可从不同角度去研究中药复方药物组份的“黑箱”和方剂体内效应的“黑箱”，并在此基础上分析有效复方的定性、定量特征及其与机体相应酶、受体、基因和蛋白质表达差异的关系，将有可能发现治疗特定疾病的中药复方有效物质，推动中药新药的开发。