对于包装设备来说，主要杀菌方法有加热法和化学法。

对敞开式无菌包装机而言，在无菌充填之前，包装机内与产品接触的表面必须经过杀菌。其杀菌是通过包装机自身产生的无菌热空气（或无菌热蒸汽）来实现的。

在杀菌过程中，无菌热空气直接接触包装机与产品接触的表面进行杀菌。封闭式无菌包装机的杀菌只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的杀菌。生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过包装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的；杀菌时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行杀菌，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的杀菌。