细胞培养对无菌环境的要求较为严格。稍有不慎细胞全军覆没，损失惨重。为此保持细胞室的无菌环境尤为重要。细胞培养间的杀菌主要涉及空气的杀菌和操作台，培养箱的灭菌，其常见的方法如下。
一、细胞房常规操作规范
1、 每天使用细胞房前需提前将层流室及缓冲间紫外灯打开照射30min。
2、 紫外灭菌消毒结束后通风15min，实验人员方可进入细胞房工作。
3、 进入细胞房前先换专用鞋。
4、 进入缓冲间穿换上专用实验服。
5、 进入层流室须戴上手套、口罩，消毒后才可以进行实验。
6、 每间层流室内最多可4个人使用，除实验外，避免长时间逗留。
7、 实验操作时尽量避免交谈，走动。
8、 始终保持细胞房内外地面、桌面的清洁，物品摆放整齐。
9、 每天工作结束后，需关掉细胞房内不用的仪器、细胞房的灯、空调，离开时锁好细胞房的门。
10、细胞房内的实验服、鞋帽禁止穿出实验室。
11、细胞房内垃圾及时清理，每周对细胞房进行消毒清洁。
二、培养箱使用
1、从培养箱取放物品前，用酒精清洁双手（或手套），尽量缩短开门时间和减少开门次数。
2、培养瓶皿放入培养箱前，可以用酒精消毒表面，并稍等至酒精挥发后再放入，以免培养箱内滞留过多乙醇蒸气。
3、按预定位置摆放培养器皿，方便查找，以免长时间敞开培养箱。
4、普通培养中的细胞，若非实验需要，每瓶/板细胞每天只需要观察生长状态一次。
5、每次从培养箱拿取物品时，注意培养箱的CO2补给情况，及CO2钢瓶中气体使用情况。
三、超净台使用
1、超净台使用前用紫外灯照射15分钟灭菌，使用前、后需用酒精棉球擦拭工作区消毒，所有物品放入超净台内使用前均应消毒。
2、如需点燃酒精灯，需检查瓶中酒精是否足够，液面应占瓶高1/3-2/3。
3、超净台中应摆放废液杯和废品杯各一只，用于暂时存放废弃物，实验结束后将杯内垃圾倒入水池或垃圾桶中，并冲洗晾干备用。
四、显微镜使用
1、显微镜使用前，用酒精棉从中间至周围擦拭载物台。
2、离开细胞房时或较长时间不需使用时，及时关上电源，延长灯泡寿命。尽量避免频繁开关显微镜电源。
五、细胞房消毒清洁
1、细胞房常用消毒剂
1）清洁用水：纯净水
2）消毒剂：
75%乙醇
0.2% 84消毒液：5L纯净水+10mL84消毒液
0.2% 新洁尔灭：5L纯净水+10mL新洁尔灭
2、细胞房清洁频次
1）每周五进行一次清洁、消毒；消毒液要交换使用，每种消毒液使用一个月要更换另一种，防止微生物的耐药性。
2）如有大物体搬进洁净区，需要对物体以及物体接触过的地方进行及时清洁、消毒
3、清洁、消毒程序
1）提前配制2组消毒液，几块50cm长的一次性医用纱布
2）将待清洁区域内废弃物清理倒掉
3）用一组消毒液+纯净水对门窗、玻璃、墙面、天花板、照明灯（两次清洁）
4）用另一组消毒液+纯净水依次对细胞室设备、桌面、地面（两次清洁）
5）清洁用具及时进行清洁，并存放到相应位置，不得随意乱放
6）紫外照射过夜
4、注意事项
1）清洁时不能干扫或干擦，以免起尘，造成污染
2）灯具清洁后要停数分钟后启用电源开关
3）清洁标准为目检洁净，无废物，无印记，无污渍。
如有污染细胞间整体灭菌方法
1、甲醛熏蒸
甲醛是一种高效能化学灭菌剂。不易燃、不爆炸、不腐蚀金属。它能与蛋白质中的氨基酸结合而使蛋白变性，使酶的活性消失。故有强大的杀菌作用。一般称作为“大消”，用来对细胞间进行彻底的消毒杀菌。但是甲醛是一种对人体有害的物质，并且细胞培养实验室一般空气流通都很差，甲醛的排出也很慢，至少要一周以上。如果要紧急使用的话，在甲醛灭菌完后，可以用等量的氨水中和空气中的甲醛。
2、空气过滤（恒温恒湿装置）
这是一种最安全，杀毒效果也最好的方法，只是费用较为昂贵。
3、紫外线灯杀菌
紫外线灭菌是用紫外线管照射进行的。波长在220-300nm的紫外线称为“杀生命区”，其中以260nm的杀菌力最强。紫外线作用于细胞DNA，使DNA链上相邻的嘧啶碱形成嘧啶二聚体（如胸腺嘧啶二聚体），抑制了DNA复制。另外，空气在紫外线照射下可以产生臭氧，臭氧也有一定的杀菌作用。紫外线透过物质的能力很差，适用于空气及物体表面的灭菌，与被照物的距离以不超过1.2m为宜，照射时间以紫外线灯管的功率大小、被照空间及面积大小，根据灭菌效果测定结果而定。由于上述各种情况的不确定性，导致紫外线杀菌效果不是很理想，一般需要过夜杀菌。此外紫外线对人体有伤害作用，不要在紫外线灯照射下进行操作。
4、电子消毒灭菌器杀菌
即臭氧灭菌。在高压电场作用下，电子管的内外电极发生强烈电子轰击，使空气电离而将空气中的氧转换成臭氧。臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解成氧气（O2）和单个氧原子（O）；后者具有很强的活性，能同细菌的胞膜及酶蛋白氢硫基进行氧化分解反应，从而靠氧原子的弥漫性扩散达到杀菌之目的，消毒时没有死角。消毒后空间的残留的多余氧原子只需30～40min则会自行重新结合成为普通氧原子（O2），不存在任何有毒残留物，故称无污染消毒剂，它不但对各种细菌（包括肝炎病毒，大肠杆菌，绿浓杆菌及杂菌等）有极强的杀灭能力，而且对杀死霉素也很有效。
