首先采取预处理阶段降低可生化性有机物及杀菌的方式。常规的杀菌方法包括加氯或次氯酸盐、臭氧、紫外线杀菌器等。也可利用DBNPA或异噻磋啉酮等非氧化性杀菌剂对纯净水设备进行冲击式杀菌。当设备发生微生物污染后，要及时进行杀菌以及化学清洗，防止微生物大量繁殖。为防止微生物产生抗药性，要不定期改变杀菌剂种类以及杀菌方式。
避免出现死角
好的工程规范是在有可能的情况下尽量减少或去除死角。常见的做法是限制死角小于 6倍分支管径或更小,这是源于 1976 年CFR212 规范中所提出的“6D”规定。最近，行业方面的专家建议指导采用 3D或更小，而 WHO所建议的死角长度是 1。5D或更小。然而，这个新的指导引起了混乱，因为这个标准的建议者通常是从管道外壁来讨论死角的长度，但是最初的 6D法规指的是从管道中心到死角末端的距离。显而易见,如果一个 1/2 英寸的分支放在一个 3英寸的主管道上，从主管道中心到管道的外壁已经是 3D了。因此，即使是零死角阀门可能都达不到 3D 要求。
在设计时就要特别注意微生物生长的问题，通过系统工艺设计来尽量避免微生物的生长，以此来保证产水的达标，满足药品生产线对生产用水的高标准需求。
