根据药典要求，除注射剂和输液剂进行无菌检查外，其他非规定灭菌制剂及其原辅料都要进行一定限度的微生物检查，同时规定不得有控制菌的存在。非无菌产品（制剂）上市销售前，需在食品药品监督管理局备案，并提供三个不同批次的产品微生物限度检查及方法学适用性试验报告。
微生物限度检查法是检查非规定灭菌制剂及其原料、辅料受微生物污染程度的方法。检查项目包括细菌数、霉菌数、酵母菌数及控制菌检查。检查应在环境洁净度10000 级下的局部洁净度100 级的单向流空气区域内进行。检验全过程必须严格遵守无菌操作，防止再污染。单向流空气区域、工作台面及环境应定期按《医药工业洁净室（区）悬浮粒子、浮游菌和沉降菌的测试方法》的现行国家标准进行洁净度验证。
微生物限度检测方法主要包括3种：
1、微生物计数法
该种检测方法用于能在有氧条件下生长的嗜温细菌和真菌的计数。本法用于检查非无菌制剂及其原、辅料等是否符合相应的微生物限度标准。检验项目分别为：需氧菌、霉菌及酵母菌计数。其中，需氧菌计数方法适用性试验菌种：铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌。霉菌及酵母菌计数方法适用性试验菌种：白色念珠菌、黑曲霉。
2、控制菌检查法
控制菌检查法系用于在规定的试验条件下，检査供试品中是否存在特定的微生物。分别为培养基适用性检查和控菌检查方法适用性试验。控制菌计数方法适用性试验菌种：耐胆盐革兰阴性菌、大肠埃希氏菌、沙门氏菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄菌、梭菌、白色念珠菌。
3、方法学适用性试验
药品的微生物计数方法应进行方法适用性试验，以确认所采用的方法适合于该产品的微生物计数。
微生物限度检测法及其方法验证的主要特点，在于检验对象本身的特殊性。具体特殊性表现为：
1、能繁殖的活细胞生物
该活细胞处于不稳定状态,可随存放时间延长而亡,也可在适宜条件下大量繁殖。而检测条件的状况不一可使其生长情况各异,因而常出现同批样品在不同条件下检测,有不同的结果。但在保存条件相对稳定时,微生物在一定时间内处于动态平衡,在标准化的条件下操作结果仍可予与正确评估。
2、不确定性
药品受微生物的污染,其种类可以多样,污染情况依生产、设备、原料、管理、剂型等条件而定,非药品本身固有。被污染批次中的不合格品是一个随机变量。
3、分布的不均匀性
这种不均匀性源于污染源的复杂性,如原辅料污染,工艺污染,空间污染和操作人员污染。再者,微生物具有簇团性,簇团大小,紧密程度是可遗传的,簇团的分散性差异极大,该特点无疑强化了不均匀性。
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