1、使用生物安全柜时，应穿戴个人防护服和手套，以防污染。在一级和二级生物安全操作期间，可穿戴普通实验室制服。实验室袖口应戴手套。有些操作可能还需要戴口罩和护目镜。
2、在生物安全柜内，避免使用酒精灯和其他明火灭菌器。使用明火会对气流产生影响，并对挥发性和易燃物质进行处理，但也容易产生危险。在接种环的灭菌中，可以使用红外线电加热器，也可以简单地使用一次性塑料接种环。
3、将手和手臂放入生物安全柜，等待约1分钟，以便在开始处理物品之前，调整安全柜，并将里面的空气“扫”过手和手臂的表面。
4、工作时，应尽量减少手臂移动，移动应缓慢，以免干扰柜内的气流。进出保险柜时，应注意保持开口处气流的完整性。手臂应与开放区域垂直缓慢地进出前开口。
5、台面表面的实验操作应在从洁净区到污染区的方向进行，所有操作应在工作台表面的中后部进行。
6、工作时，耐高压灭菌的生物危险废物袋和吸盘应放在安全柜内，不得从安全柜中取出。否则，在使用这些物品时，双臂应经常进出安全柜，这可能会干扰安全柜空气屏障的完整性，影响人员和物品的保护。
7、一旦在实验过程中产生泄漏，使用消毒纸巾将其放置在表面进行吸附清理。
8、尽可能使安全柜处于连续工作状态，并对所有物品进行消毒，以最大限度地保护人员。从安全柜内取出可能产生造成污染的物品时，必须进行表面消毒。
生物安全柜需要消毒么，生物安全柜中的所有物品，包括设备，应在工作完成后进行表面去污，并从柜中移除，因为残留的培养介质可能会为微生物的生长提供条件。每次使用前和使用后，应对安全柜的内表面进行去污处理。用消毒剂擦拭桌子的表面和内壁。使用的消毒剂应能杀死柜内可能存在的所有微生物。在一天结束时，应进行最终的表面去污处理，即在桌子上、四周、背面和玻璃内部进行全面擦拭。
可以使用漂白粉或70%酒精，这是一种对目标生物有效的消毒剂。如果使用漂白粉溶液这种腐蚀性消毒剂，必须用无菌水进行二次擦拭。建议在清洁和消毒期间，工作柜保持工作状态。如果未处于工作状态，则应在关闭安全柜之前运行5分钟以清除气体。
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