生物安全柜安装空气要通过前面开口然后进入生物安全柜的速度应该为0.38～0.5ml/s。如此速度的定向气流极易受到干扰，当人员走近生物安全柜所形成的气流、送风系统调整和开关门窗等都会造成影响。所以，较为理想的是，将生物安全柜安装在远离人员活动、物品流动以及可能扰乱气流的部位。
在安全柜的后方以及每一个侧面都应该适当地留有30cm左右的空间，这样更方便对安全柜的清洁和维护：在安全柜上方尽量留有30～35cm的空间，更便于准确高效的测量空气通过排风过滤器的速度和排风过滤器的更换。
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